Segern var Skellefteås sjätte på de senaste sju matcherna, och femte hemmasegern i rad.
Malmö hade greppet inför tredje perioden och ledde med 1-0, men lyckades inte hålla i ledningen.
Rickard Hugg, Jonathan Johnsson, Linus Karlsson och Jonathan Pudas blev målskyttarna för Skellefteå, medan Lars Bryggman, Christoffer Forsberg och Oliver Lauridsen gjorde Malmös mål.
Det här betyder att Skellefteå är kvar på tredje plats, och Malmö stannar på tolfte plats, i tabellen.
I nästa match möter Skellefteå Timrå borta på torsdag 9 december 19.00. Malmö möter Örebro Hockey onsdag 8 december 19.00 hemma.
