Ponthus Westerholm blev matchhjälte med sitt avgörande 3-2-mål efter 60 minuter.
Målskyttarna som fixade segern för Malmö var Christoffer Forsberg, Jan-Mikael Järvinen och Ponthus Westerholm, medan målen för Frölunda gjordes av Max Friberg och Jonathan Sigalet.
I tabellen innebär det här att Malmö nu ligger på 13:e plats. Frölunda är på femte plats.
I nästa match, torsdag 18 februari, har Frölunda Linköping borta i Saab Arena 19.00, medan Malmö spelar borta mot Oskarshamn 18.00.
